(bron wikisage)
In de weken die volgden werden steeds kleine APRA-eenheden verslagen in een gecombineerde actie van het Indonesische leger en de politie. Het Legioen van Ratu Adil had geen bestemming meer in februari 1950. De stem vóór ontbinding van het federale systeem won aan kracht. Westerling dook onder. Hij verbleef een tijdje in de bijgebouwen van het huis van de Nederlandse legercommandant, generaal D.C. Buurman van Vreeden, zonder dat deze daar ook maar enig vermoeden van had. Hij werd vervolgens op 22 februari 1950 naar Tandjong Priok overgebracht en die dag om 8 uur per Catalina-vliegboot P 201 naar Malakka gevlogen; per rubberboot bereikte hij de kust, waar hij door de Engelsen werd gearresteerd. Uiteindelijk arriveerde Westerling op 20 augustus 1950 te Brussel. Van Indonesische zijde werd opheldering gevraagd omtrent de handelswijze van de bemanning van de Catalina. Vice-admiraal C.J. Kist van de Koninklijke Marine schreef daarop op 26 februari 1950 een brief aan het Ministerie van Defensie van Indonesië, waarin hij mededeelde dat de bemanning niet verantwoordelijk kon worden gesteld omdat zij in opdracht had gehandeld.
Omstreeks 5 april waren verschillende samenzweerders, waaronder Sultan Hamid II gerekend werd, door de republikeinse autoriteiten gearresteerd. Hamid II bekende op 19 april dat hij betrokken was geweest bij de coupe en bij plannen voor een tweede aanval op het parlement, op 15 februari. Later heeft hij, door drie jaar gevangenis zonder proces en slechte behandeling murw gemaakt op een showpoces de beschuldigingen van de openbare aanklager toegegeven. De historicus J.A. de Moor stelt echter vast dat hij deze daden onmogelijk gepleegd kan hebben. Hij ziet het proces als een wraakneming op Hamid, die altijd al beschuldigd werd van collaboratie met de Nederlanders. De rol van het gouvernement van Pasudan leidde tot de opheffing daarvan op 10 februari, waardoor de federale structuur van de Verenigde Staten van Indonesië verder ondermijnd werd. De vermeende rol van Hamid in de coup leidde tot verhoogde spanningen in West-Kalimantan en stemmen vóór de samenvoeging daarvan met de Republiek Indonesië. Na een opstand van APRIS- (ex- KNIL)-troepen onder kapitein Andi Abdul Aziz. in Makassar volgde de geleidelijke gelijkschakeling en opheffing van de deelstaat Oost-Indonesië Ook de andere deelstaten en autonome gebieden werden opgeheven of sloten zich aan bij de Republiek behalve de Zuid Molukken waar de Republik Maluku Selatan werd geproclameerd. Ten slotte werd de federale Verenigde Staten van Indonesië op 17 augustus 1950 ontbonden en werd Indonesië een eenheidsstaat, geleid door een centraal gouvernement in Jakarta.
Een aantal leden van het APRA vluchtte de bergen in. De Nederlander en APRA-lid Juul van der Meulen kwam na zijn vertrek uit Bandoeng met een kleine eenheid van het APRA in vuurgevecht met het Indonesische leger. Na twee hevige gevechten pleegden vier APRA-leden zelfmoord door in een ravijn te springen. Van der Meulen werd gevangengenomen, wekenlang verhoord en vervolgens onthoofd. Zijn vrouw heeft nooit van de Indonesische autoriteiten te horen gekregen waar haar man begraven lag. Viktor, een lid van de Batakse gemeenschap en lijfwacht van mevrouw Westerling overleed na zijn arrestatie. Volgens de Indische Courant van 5 april 1950 werden in verband met de APRA-affaire ongeveer 6.000 mensen in West-Java door de Indonesische autoriteiten gearresteerd. Een groep gearresteerde Nederlanders en Chinezen werd later vrijgelaten, zonder proces. Een aantal Indonesische APRA-leden kwam later bij gevechten met het Indonesische leger om of werd gevangengenomen, Anderen werden afgevoerd naar het gevangenenkamp te Nusa-Kambangan, een eiland aan Java’s zuidkust; over hun lot is niets bekend.
De 125 overwegend Molukse militairen van het RST die de aanval op het Republikeinse hoofdkwartier in Bandoeng hadden uitgevoerd, verschenen voor een Nederlandse krijgsraad en werden tot gevangenisstraffen veroordeeld. Zij zaten hun straf vervolgens uit in Nederlands-Nieuw-Guinea [19].
De APRA-staatsgreep tegenwoordig bezien
In de biografie van de Nijmeegse historicus Fredrik Willems wordt aangegeven dat de coup van Westerling geen daad was van Westerling alleen maar dat deze de steun genoot van hoge Nederlandse militairen. De plannen voor de staatsgreep werden aanvankelijk gesteund door twee majoors en twee luitenant-kolonels met hun troepen. Tijdens de coup stond de dan nieuwe commandant van de Speciale Troepen, luitenant-kolonel Borghouts, oogluikend toe dat zijn soldaten naar de opstandelingen deserteerden. Voordat Westerling was begonnen met de oprichting van APRA had hij het gehele plan besproken met de toenmalige legercommandant Spoor, die geheel met Westerlings plan instemde. Volgens de laatste gegevens vond Westerling voor zijn plannen verder steun bij luitenant Rijhiner en luitenant-kolonel Cassa, die op zijn beurt twee majoors en twee luitenant-kolonels voor het plan wist te mobiliseren.
Generaal-majoor Engles, territoriaal commandant van West-Java, stelde zich echter halfslachtig op; hoewel hij bevriend was met Westerling en diens plannen niets in de weg legde verleende hij hem op het beslissende moment geen steun. Generaal Buurman van Vreeden, de opvolger van Spoor, reageerde zeer afwijzend toen Westerling hem op de hoogte stelde van zijn plannen. Volgens Willems was er later maar één conclusie mogelijk: van het schimmenspel rond Westerling kon later maar beter niet te veel bekend worden. Er zouden wel eens vreemde dingen aan het licht kunnen komen, zo schreef een rechter-commissaris in deze tijd.[20] Een van die dingen was dat hoge Nederlandse militairen zich tot het laatst tegen de Indonesische onafhankelijkheid hadden verzet; het was dus beter de hele affaire af te doen als een schertsoperatie van de buitenstaander Westerling.[20]